自中国改革开放以来，跨国公司在华医药市场已遨游多年，而多年的市场经验累积使得跨国公司找到，在医药行业从头开始创立一家企业，或几乎并购一家现成的企业，要比接洽、创建和长年管理一家合资企业更容易。但是，新医改下的中国医药市场情况已有所不同。
随着中国经济的快速增长，有一点被几乎并购的中国企业由于估值下降，他们对于外企的并购意向并没充足的兴趣。这就使得创建合资企业沦为外企更佳的自由选择，数量大大激增、经营状况更加身体健康的潜在的中方合作伙伴，沦为更加能欲望外资药企的新自由选择。在这种情况下，不少跨国公司重新考虑将合资经营的方式作为一种替代手段，以便从中国经济持续强大的快速增长中受益。
前提是采行合资经营方式的企业应当认真反思经验教训，以提升顺利的几率。例如，自由选择需要作出实际业务贡献的合作伙伴、维护知识产权、保证对合资企业运营的掌控、协商战略重点、创建需要对环境变化作出快速反应的的组织结构等。自由选择对路的合资伙伴当中国在20世纪80年代第一次向跨国公司敞开大门时，日本的一些药企首度与中国当地企业展开合资经营或许是十分安全性的自由选择，因为可以借以相似和影响当地政府，以取得较为好的税收政策。
即便是在今天，许多外企高管也宁愿与国内成熟期的大型合作伙伴做事。然而，这种自由选择也不会带给一些问题，例如母公司没能与其分享对等的战略利益或商业利益。
跨国公司非常重视盈利能力有时，即使快速增长较慢也没关系，而中国的合作伙伴有时则更加推崇快速增长。因此，在双方的母公司之间以及混合管理团队内部，对于投资具有有所不同的优先考虑到，并且缺少协作。在当今中国市场上，跨国公司不妨与需要具体带入其战略目标的本地企业合作，当然，这并不回避与中国成熟期的大型企业的合作。
但那些较慢茁壮的、私人享有的、规模较小的公司，有时也是很好的谈判自由选择。这些成长性公司为合资企业带给了强有力的商业思维模式和有形的业务资产。
例如，2009年，全球制药企业葛兰素史克和诺华自由选择与这类合作伙伴在疫苗生产市场创建了自己的合资企业。由于分别与两家规模较小的当地企业创建了合作伙伴关系，这两家合资企业不仅取得了政府的疫苗采购计划，而且取得了更进一步快速增长所必须的人才库、研发专业知识与技能，以及一种具备企业家精神的管理思维模式。
跨国公司以前在中国有可能很少遇上的一个障碍是：随着中国药企高管自信心的强化，许多规模较小的企业都期望自己茁壮为全国性、地区性乃至全球性企业。这种心愿可能会使双方在合作范围上那些达成协议完全一致显得更为艰难。例如雄心勃勃要把国产药品送来出有国门的央企，或是谋求在证券市场上市的成长性企业。
如果这种合作伙伴关系只局限在国内，或只针对某些特定产品的话，可以采行的一种解决问题方法就是，分别规定在国内和在全球范围的合作程度。这种合作否还包括取得海外销售渠道，针对特定市场的竞业禁止条款，并就有可能将合作伙伴关系发展到其他产品线的原则达成协议完全一致。无法忽略的的组织结构问题一旦合资企业正式成立并投放运营，跨国公司就不应下定决心管理好这家企业，就像它是自己的孩子一样，要实行由合资企业必要向母公司汇报。
这样的措施在任何合资企业中都至关重要，可为高级管理人员及时获取他们评估企业绩效所需的信息。另一方面，由于中国医药行业发展很快，拒绝双方合作伙伴对市场或监管政策的变化很快作出反应。
在这方面，跨国公司就不一定占优了。中方公司的决策流程中可能会牵涉到较为多的高管，一旦作出决策，管理人员就不会很快继续执行。而外企的反应就比较功能障碍一些，往往不会不受国家和地区管理机构各层级的制约。如牵涉到根本性事务的决策，一家合资企业的外国高管向跨国公司的中国区负责人汇报，该负责人又向国际部门负责人汇报，然后，这位负责人最后还得向首席执行官汇报。
上述作法凸显一个的组织结构问题。许多跨国公司都另设一个中国区CEO，这位首席执行官是该公司在华对外形象的代表，并企图制订或影响在中国的整体战略。但是，在中国的产品线运营往往被划入总部设于欧洲、日本或美国的全球业务单元、职能部门管理，这些业务单元或业务部门一般来说仍保有了大部分盈亏责任。本土市场也之后享有全球研发、产品开发、IT和其他职能部门并掌控决策的权利。
如此一来，在中国的业务单元负责人事实上就分担起了销售经理的职责。事实上，一些顺利的跨国公司规定了中国区高管向其首席执行官负责管理的必要统属关系。
另一些跨国公司将在中国运营的职责指派给自己的管委会成员，有时则采行同时对地区的组织负责管理的双重统属关系。例如，当一家欧洲制药企业将中国作为其第二本土市场时，它不会拔擢其中国区总裁转入全球运营管委会，并委派全球首席执行官每年有一定的成倍到中国与合资伙伴见面。
其结果是提高了跨国药企与国内涉及机构的合作，双方母公司的高管层对话也更为频密，关系更为了解，合资企业混合管理团队的因应也更为紧密。
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